إنطلاقا من رسالتها في خدمة المجتمع وقطاع المختبرات الطبية خاصة باشرت دائرة العلوم الطبية المخبرية في كلية المهن الصحية - جامعة القدس بتنفيذ برنامج الرقابة النوعية الخارجية للمختبرات الطبية في مطلع العام 1995. وفي نهاية العام2001 تم توقف البرنامج وذلك بسبب الأحداث السياسية التي مرت بها كافة محافظات الضفة الغربية، وعدم القدرة على التواصل الفعلي بين المختبرات والبرنامج. وتمشيا مع هدف البرنامج الرئيسي للمساهمة في رفع مستوى خدمات المختبرات الطبية كافة، تم إعادة تفعيل البرنامج في مطلع العام 2009.  وفي أيلول 2011 تم تغيير إسم البرنامج من برنامج الرقابة النوعية الخارجية الى مركز الرقابة النوعية في الطب المخبري وفي آيار 2012 تم نقل المركز الى المقر الجديد في مدينة البيرة.