وتمثل هذه اللجنة مرجعية علمية لبرنامج الرقابة النوعية الخارجية. ويراعى في اختيار الأعضاء الكفاءة العلمية والخبرة، وبحيث يتم ضم ممثلين اثنين عن جامعة القدس، ممثلين اثنين عن نقابة الطب المخبري، ممثلين اثنين عن وزارة الصحة،  إضافة إلى تمثيل المؤسسات الصحية الأخرى المشاركة في البرنامج.

ومن مهام هذه اللجنة :

• الإشراف العلمي على عمل برنامج الرقابة النوعية الخارجية
•  تزويد برنامج الرقابة النوعية الخارجية بالخبرة العلمية والعملية
•  المساهمة في توفير الحلول العلمية المناسبة للمشاكل التي تواجه المختبرات المشاركة والتي يتم التعرف عليها من خلال البرنامج.