اللجنة التوجيهية: هي هيئة توجيهية استشارية وتضم ممثلا دائما عن كل من المؤسسات الثلاث التالية: جامعة القدس، نقابة الطب المخبري ووزارة الصحة. إضافة إلى ممثلين عن المؤسسات الصحية الأخرى المشاركة في البرنامج.

ومن مهام هذه اللجنة تقديم المشورة اللازمة لإدارة المركز في تحديد الأهداف الإستراتيجية للبرنامج وتطوير عمل البرنامج، إضافة الى تقديم المشورة اللازمة في رسم السياسة العامة للبرنامج.